Bagi praktisi kelapa sawit, telah dipahami bahwa penggunaan varietas unggul dalam usaha perkebunan kelapa sawit merupakan suatu hal yang mutlak. Penggunaan varietas unggul akan menjamin digunakannya bahan tanaman tenera, dan bukan dura atau pisifera (dengan level tertentu sesuai standar nasional) di perkebunan.
Telah dilaporkan bahwa penggunaan bahan tanaman kelapa sawit jenis tenera meningkatkan hasil panen secara signifikan dibandingkan dengan penggunaan bahan tanaman jenis lain. Selain jaminan berupa jenis bahan tanaman tenera, varietas unggul kelapa sawit, yang merupakan varietas yang terdaftar di pemerintah, secara umum memiliki karakter yang menonjol, yang menguntungkan bagi petani.
Varietas unggul kelapa sawit merupakan hasil persilangan terkontrol antara pohon induk (jenis dura) dan pohon bapak (jenis pisifera) yang terpilih melalui program pemuliaan. Program pemuliaan kelapa sawit secara konvensional memerlukan waktu yang panjang, karena untuk menyelesaikan satu siklus seleksi, diperlukan waktu sekitar 10 tahun umur kelapa sawit. Jika program pemuliaan tidak terarah dengan baik, maka bisa diperkirakan bahwa pencapaian tujuan pemuliaan akan didapat dalam jangka waktu yang sangat lama. Disinilah diperlukannya suatu teknologi yang dapat membantu program pemuliaan kelapa sawit untuk memperoleh tujuan yang diharapkan dengan maksimal, dengan waktu yang lebih cepat.
Teknologi DNA merupakan salah satu alternatif yang dapat membantu program pemuliaan kelapa sawit. Hal ini dapat dipahami, karena pada dasarnya ilmu pemuliaan berpangkal pada pengetahuan genetika, sedangkan DNA merupakan cetak biru pewarisan sifat mahluk hidup, hal yang merupakan dasar ilmu genetika. Informasi DNA yang diperoleh melalui teknologi DNA yang diintegrasikan dalam program pemuliaan kelapa sawit, akan merupakan panduan bagi para pemulia untuk menentukan metode, persilangan, pemilihan tetua dan kegiatan pemuliaan lainnya.
Teknologi DNA berkembang dengan pesatnya pada beberapa dekade terakhir. Telah ditemukan beberapa teknik marka DNA yang dapat digunakan untuk analisis sidik jari DNA dan marka yang diperbantukan dalam proses seleksi. Sebut saja Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Simple Sequence Repeat (SSR) dan Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Masing-masing teknik tersebut memiliki kelebihan dan kekurangan, sehingga pemilihan teknik yang digunakan dalam analisis DNA dalam program pemuliaan dapat disesuaikan dengan tujuan analisis dan ketersediaan sumber daya. Pada prinsipnya, untuk mendapatkan hasil yang maksimal, teknik yang dipilih adalah teknik yang menghasilkan data yang reliable dan mudah dalam aplikasinya.
Ketersediaan plasma nutfah dengan keragaman yang tinggi merupakan modal yang penting bagi pemulia untuk mencapai hasil yang maksimal dan marka DNA dapat digunakan dalam manajemen plasma nutfah kelapa sawit. Teknologi tersebut dapat membantu pemeliharaan kesinambungan koleksi inti plasma nutfah yang efisien dengan cara menghindari duplikasi serta mengidentifikasi keragaman koleksi dan calon koleksi baru sehingga memaksimalkan keragaman koleksi. Dengan analisis DNA, pemulia akan terbantu dalam hal penentuan persilangan yang akan menghasilkan populasi keturunan yang beragam atau yang seragam, disesuaikan dengan tujuan persilangan.
Marka DNA juga bisa membantu pemulia kelapa sawit dalam hal verifikasi persilangan buatan. Dalam persilangan buatan, ada kemungkinan terjadi kesalahan di beberapa tahapan kegiatan. Analisis sidik jari DNA dari tetua dan keturunannya akan menunjukkan apakah sampel tanaman yang diuji merupakan hasil persilangan dari tetua tertentu. Hal ini sangat penting untuk pengujian-pengujian varietas baru dan konfirmasi silsilah varietas unggul yang dirilis.
Marka DNA yang terpaut dengan sifat kelapa sawit tertentu, juga bisa diperbantukan dalam proses seleksi. Marka tersebut bisa digunakan untuk mendeteksi sifat kelapa sawit sejak masih di pembibitan, atau sebelum sifat tersebut terekspresi,sehingga bisa digunakan untuk menyeleksi sedini mungkin tanaman yang memiliki sifat tertentu, guna menghemat biaya dan waktu. Sebagai salah satu contoh adalah jika kita bisa menggunakan marka DNA penanda ketebalan cangkang kelapa sawit. Sebelum tanaman memproduksi buah (misalnya ketika masih di pembibitan), kita dapat mengidentifikasi apakah tanaman kita adalah dura, tenera atau pisifera. Tanpa bantuan identifikasi tersebut, jika terjadi kekeliruan penanaman jenis kelapa sawit, setidaknya akan mengorbankan waktu, tenaga dan biaya yang telah dikeluarkan hingga kita menyadari kekeliruan tersebut pada saat tanaman telah berbuah .
Keberadaan laboratorium DNA adalah hal yang diperlukan dalam aplikasi teknologi DNA. Pada laboratorium tersebut, dilakukan ekstraksi DNA dan analisis lanjutannya untuk menghasilkan profil DNA sampel. Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu protokol analisis DNA yang telah banyak digunakan secara luas, karena kelebihan-kelebihannya dalam menghasilkan profil DNA. Sebagian produsen benih unggul kelapa sawit di Indonesia, telah memiliki laboratorium DNA untuk melakukan penelitian genom kelapa sawit atau untuk melakukan uji rutin guna menghasilkan informasi DNA yang diperlukan dalam program pemuliaan kelapa sawit. Diharapkan bahwa kemajuan hasil penelitian genom kelapa sawit dan aplikasi dari penelitian tersebut dalam program pemuliaan kelapa sawit, akan menghasilkan varietas-varietas unggul baru yang akan lebih memajukan perkelapasawitan di Indonesia.